O órgão da Igreja de São Pedro foi adquirido em Inglaterra à firma Flight & Robson, no século XIX. Não possuímos documentação relativa ao ano da sua construção mas podemos situá-la antes de 1878, altura em que a mencionada firma foi comprada por Gray & Davison. Tão-pouco sabemos a data exacta da instalação do instrumento na Igreja de São Pedro, mas em dois inventários (1838 e 1841) menciona-se um órgão “em muito bom uso” colocado no coro, facto que permite apontar para o actual instrumento (AHDF Inventário: 3). No decorrer do século XX, o órgão sofreu várias intervenções das quais resultaram, entre outros, a modificação do diapasão e da afinação, sem que tivessem acarretado, no entanto, danos significativos na originalidade do instrumento.

Em Agosto de 1904, no decurso de uma campanha de beneficiação do coro alto da igreja, a Fábrica aproveitou também a ocasião para mandar reparar o órgão, tendo sido responsável pelo restauro Alfredo Saturnino Lino. Sabe-se que o conserto do órgão, como do restante conjunto, foi breve, pois em ofício assinado a 6 de Agosto de 1904, o mestre declara que os trabalhos “deveriam ficar promptos até meados do corrente mez” (AHDF Documentos). As obras terminaram de facto a 25 de Agosto; os trabalhos do coro e do órgão custaram 150.000 réis, tendo a Junta Geral do Distrito comparticipado com a importância de 50.000 réis, montante que se destinava exclusivamente ao conserto do órgão. Pelos vistos, esta intervenção deve ter sido pontual, pois passados dois anos, o periódico Heraldo da Madeira noticiava, no dia 15 de Novembro de 1906, que o órgão da Igreja de São Pedro estava a ser sujeito a uma nova reparação.
Em 2006, este instrumento foi restaurado por Dinarte Machado.

Manual (GG, AA, C, D-f’’’)
Diapason 8’
Principal 8’ (c-f’’’)
Principal 4’
Flauta 4’
Piphar 2’
Cornet