Este instrumento é um órgão positivo de armário e encontra-se instalado no coro alto. O seu autor foi o organeiro João da Cunha (n. 1712 - m. 1762) que o construiu no ano de 1761, em Lisboa, conforme consta da inscrição no interior do secreto. João da Cunha, natural de Lisboa, era pai de Leandro José da Cunha (n. 1743 - m. após 1805), construtor do órgão positivo da Igreja do Recolhimento do Bom Jesus, no Funchal. Tendo sofrido algumas intervenções de menor importância, o instrumento manteve em grande parte o seu carácter original e foi restaurado em 2005-06 por Dinarte Machado que lhe restituiu o diapasão e o temperamento original, bem como o sistema primitivo da alimentação do ar.

Manual (C, D, E, F, G, A-d’’’)
Flautado tapado de 6 palmos (4’)
Quinzena (2’)
Dezanovena (1 1/3’)
Vintedozena (1’)
Sesquialtera de II