Wolfgang Seifen cresceu em Oberaußem, no distrito de Bergheim. De 1973 a 1976 estudou música sacra na Gregoriushaus em Aachen. Até 1983 foi músico da igreja de St. Sebastian em Nettetal-Lobberich, e de 1983 a 2000 foi organista na Basílica Papal de Santa Maria em Kevelaer. Juntamente com Paul Wißkirchen, fundou a Academia Internacional de Órgão de Altenberg para Improvisação e é o seu professor permanente desde 1987. Ao mesmo tempo dirigiu a classes de Improvisação e de Órgão Litúrgico na Universidade de Música e Artes Cénicas de Estugarda, de 1989 a 1992. De 1992 a 2000 ocupou o mesmo cargo docente na Universidade Robert Schumann em Düsseldorf, onde foi nomeado Professor Honorário em 1995. A partir de Outubro de 2000 foi professor de Improvisação e de Órgão Litúrgico na Universidade das Artes de Berlim, tendo-se reformado em Outubro de 2021. Em 2002 foi nomeado para a Comissão de Música Sacra da Arquidiocese de Berlim pelo Cardeal Sterzinsky. Mantém uma agenda de concertos preenchida no seu país e no estrangeiro. Em 2021 reformou-se como Professor Emérito da UdK Berlim. Em 2022 reformou-se como organista titular da Igreja Memorial Kaiser Wilhelm em Berlim, cargo que ocupava desde 2004. Wolfgang Seifen é presidente da Orgelbauvereins Kevelaer desde Março de 2024.